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Trampas de la secuenciación de exomas basada en trios: genes imprintados y mosaicismo parental - MAGEL2 como ejemplo

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Mié, 28/06/2017 - 12:27 -- Genetaq

Palomares-Bralo et al. han enviado una carta al editor de Genetics in Medicine para destacar la importancia de tener en cuenta mutaciones en genes imprintados como causa de discapacidad intelectual (DI) y malformaciones congénitas (MC), así como un posible mosaicismo parental.

Reportan un caso de síndrome de Schaaf–Yang molecularmente confirmado, el cuál es el primero descrito causado por una mutación en MAGEL2 heredada del padre mosaico. También destacan la dificultades encontradas en el análisis de pacientes solos, cuando la variante causal está localizada en un gen imprintado o hay un mosaicismo parental presente. Generalmente, los análisis basados en trios son una buena opción en casos inexplicados de DI/MC cuando se sospecha de una variante de novo, sin embargo, como se ilustra en el caso expuesto, un pipeline de análisis específico para genes imprintados que no incluya filtro de herencia debería ser considerado también. En este sentido, las variantes de novo, heredadas y presentes en mosaico en los padres serán detectadas. En los casos donde la mutación causal se localiza en un gen no imprintado, un mosaicismo parental de bajo grado puede no ser detectado cuando se aplique una estrategia de filtros de novo y podría ser sospechado después en la visualización directa del archivo BAM del trio y /o durante la confirmación mediante secuenciación Sanger. Mientras tanto, una mutación patogénica dominante en un probando puede ser pasada por alto si el mosaicismo parental está presente en un porcentaje más alto y una estrategia de filtro de novo común es aplicada. Por lo tanto, Palomares-Bralo et al.  recomiendan además un algorirtmo bioinformático para genes imprintados y aumentar la conciencia del mosaicismo parental como una posible trampa en el análisis de novo de rutina y sus implicaciones en el consejo genético

El texto completo de esta carta se encuentra disponible

 

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